Piotr Aleksander Naimski urodził się 2 lutego 1951 roku w Warszawie, w rodzinie o silnych tradycjach patriotycznych. Jego ojciec Krzysztof był żołnierzem Armii Krajowej i uczestnikiem Powstania Warszawskiego, a dziadkowie walczyli o niepodległość Polski w wojnach XX wieku. Wychowany w atmosferze przywiązania do wartości niepodległościowych, młody Piotr już od wczesnych lat przejawiał zainteresowanie działalnością harcerską i społeczną.
W wieku 14 lat wstąpił do 1. Warszawskiej Drużyny Harcerzy im. Romualda Traugutta – słynnej „Czarnej Jedynki”. Harcerska przygoda ukształtowała jego charakter: „Czarna Jedynka” kultywowała ideały patriotyzmu, braterstwa i służby, stojąc w opozycji do podporządkowanego władzy komunistycznej oficjalnego harcerstwa. Naimski szybko wyrósł na jednego z liderów tego środowiska. Został drużynowym „Czarnej Jedynki” oraz współzałożycielem starszoharcerskiego kręgu „Gromada Włóczęgów”, gdzie młodzi dyskutowali o historii i przyszłości Polski, przygotowując się do walki o odzyskanie pełnej suwerenności kraju.
Równolegle z działalnością harcerską Piotr Naimski zdobywał wykształcenie. Uczęszczał do prestiżowego warszawskiego Liceum im. Tadeusza Reytana, które ukończył w 1968 roku. Następnie podjął studia chemiczne na Uniwersytecie Warszawskim. Pasjonował się nauką, szczególnie biochemią, i konsekwentnie łączył karierę naukową z aktywnością opozycyjną. W 1981 roku obronił rozprawę doktorską z zakresu nauk przyrodniczych, uzyskując tytuł doktora. Już wcześniej, bo w latach 1976–1980, pracował jako młody naukowiec w Instytucie Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk.
Jeszcze jako uczeń i student Naimski angażował się w działania opozycyjne wymierzone przeciw reżimowi komunistycznemu. Po tragicznych wydarzeniach Grudnia 1970 na Wybrzeżu, dziewiętnastoletni Piotr wraz z kolegami harcerzami roznosił w Warszawie ulotki wzywające do oddawania krwi dla rannych robotników – był to jego pierwszy znaczący gest sprzeciwu wobec władzy. W 1971 roku został po raz pierwszy zatrzymany przez Służbę Bezpieczeństwa za udział w spotkaniu harcerskiego kręgu dyskusyjnego, co utwierdziło go w przekonaniu o konieczności dalszej walki o wolność.
W połowie lat 70. Naimski znalazł się w gronie odważnych inicjatorów rodzącej się opozycji demokratycznej. W 1975 roku uczestniczył w protestach przeciwko planowanym zmianom w konstytucji PRL, które miały zagwarantować PZPR rolę „przewodnią” i wieczystą przyjaźń z ZSRR. Gdy w czerwcu 1976 doszło do brutalnego stłumienia protestów robotniczych w Radomiu i Ursusie, Piotr aktywnie włączył się w organizowanie pomocy dla represjonowanych uczestników tych wystąpień. Był jednym ze współzałożycieli Komitetu Obrony Robotników (KOR) – pierwszej jawnej organizacji opozycyjnej w powojennej Polsce, powołanej jesienią 1976 roku, by nieść pomoc ofiarom represji. Naimski blisko współpracował z Antonim Macierewiczem i innymi działaczami KOR, a następnie z Komitetem Samoobrony Społecznej „KOR” kontynuującym tę działalność w kolejnych latach.
W drugiej połowie lat 70. Naimski działał także jako publicysta i redaktor prasy podziemnej. Współtworzył drugoobiegowe czasopismo „Głos”, wydawane poza cenzurą, w którym publikowano analizy społeczne i polityczne. Równocześnie kontynuował harcerską misję wychowywania młodzieży w duchu patriotyzmu – jego mieszkanie i kręgi dyskusyjne bywały miejscem spotkań młodych opozycjonistów. W latach 1980–1981, w okresie „karnawału Solidarności”, Naimski zasiadał w radzie programowej Ośrodka Badań Społecznych Regionu Mazowsze NSZZ „Solidarność”, opracowującego niezależne ekspertyzy dla rodzącego się ruchu związkowego.
W 1981 roku, tuż przed wprowadzeniem stanu wojennego, Piotr Naimski wyjechał na stypendium naukowe do Nowego Jorku. Na emigracji nie zaprzestał działalności – współorganizował w USA Komitet Pomocy „Solidarności”, wspierający podziemie solidarnościowe w kraju. Po blisko trzech latach spędzonych za granicą powrócił w lipcu 1984 do Polski. Natychmiast zaangażował się ponownie w wydawanie niezależnych pism – reaktywował redakcje opozycyjnego „Głosu” oraz „Wiadomości” (wcześniej ukazujących się jako „Wiadomości Dnia”). Aż do upadku reżimu komunistycznego w 1989 roku pozostał czynnym działaczem opozycji, współtworząc struktury niezależnej prasy i wspierając „Solidarność” w podziemiu.
Pomimo intensywnej działalności opozycyjnej, Piotr Naimski rozwijał równolegle swoją karierę naukową. Po uzyskaniu doktoratu w 1981 roku część lat 80. spędził w Stanach Zjednoczonych jako badacz na New York University School of Medicine (1981–1984). Tam zdobywał cenne doświadczenie naukowe w dziedzinie biochemii. Po powrocie do kraju w 1984 kontynuował pracę badawczą, zajmując się wykorzystaniem metod biochemicznych w diagnostyce medycznej. Choć polityczne realia PRL ograniczały możliwości oficjalnej pracy naukowej dla opozycjonisty, Naimski starał się łączyć obie te sfery swojego życia.
Po przemianach ustrojowych 1989 roku Naimski powrócił do działalności akademickiej na szerszą skalę. W 1996 roku związał się z Wyższą Szkołą Biznesu – National-Louis University w Nowym Sączu, gdzie objął stanowisko adiunkta (odpowiednik polskiego docenta). Przez ponad dekadę (1996–2009) wykładał tam przedmioty z zakresu polityki i stosunków międzynarodowych, dzieląc się ze studentami zarówno swoją wiedzą naukową, jak i doświadczeniem z działalności publicznej. Pełnił funkcje prodziekana, a następnie dziekana Wydziału Studiów Politycznych na tej uczelni, gdzie kierował także programem magisterskim „Stosunki Międzynarodowe i Dyplomacja”. Praca dydaktyczna i naukowa w wolnej Polsce stała się ważnym rozdziałem w jego życiu, pozwalając mu inspirować młode pokolenie.
Upadek komunizmu otworzył przed Naimskim możliwość oficjalnej służby państwowej, z której szybko skorzystał, by realizować ideały przyświecające mu w opozycji. Piotr Naimski stanął wówczas do służby publicznej na wysokim szczeblu. Gdy Antoni Macierewicz został ministrem spraw wewnętrznych w rządzie premiera Jana Olszewskiego (1991–1992), Naimski objął funkcję podsekretarza stanu (wiceministra) w tym resorcie. Już kilka tygodni później, 1 lutego 1992 roku, został powołany na stanowisko Szefa Urzędu Ochrony Państwa (UOP), czyli szefa cywilnych służb specjalnych wolnej Polski. Jego zadaniem było m.in. przekształcenie służb bezpieczeństwa PRL w instytucje lojalne wobec demokratycznego państwa. Stanowisko to piastował do 5 czerwca 1992 roku, odchodząc wraz z upadkiem rządu Jana Olszewskiego. Tamta dymisja – wymuszona wówczas przez ówczesnego prezydenta Lecha Wałęsę – była dla Naimskiego bolesną lekcją polityki, ale nie zakończyła jego publicznej aktywności.
W kolejnych latach Piotr Naimski nadal odgrywał istotną rolę w życiu publicznym i politycznym. W latach 1992–1996 pełnił funkcję prezesa Klubu Atlantyckiego – organizacji promującej integrację Polski z NATO i współpracę transatlantycką. Zaangażował się też w działalność prawicowych ugrupowań politycznych: działał m.in. w Zjednoczeniu Chrześcijańsko-Narodowym (ZChN), Ruchu Odbudowy Polski (ROP) Jana Olszewskiego oraz w Ruchu Katolicko-Narodowym. W 1997 roku bezskutecznie kandydował do Sejmu z listy ROP w okręgu krakowskim, co pokazało, że jego konsekwentnie niepodległościowe poglądy nie od razu znalazły szerokie poparcie wyborców.
Kolejny etap kariery przyniósł Naimskiemu ważną rolę doradczą. W latach 1999–2001 był doradcą do spraw bezpieczeństwa narodowego w gabinecie politycznym premiera Jerzego Buzka. To właśnie wtedy po raz pierwszy zaangażował się w projekty strategiczne związane z bezpieczeństwem energetycznym kraju – rząd Buzka rozważał i inicjował plany dywersyfikacji dostaw gazu ziemnego (pojawiła się m.in. koncepcja połączenia gazowego z Norwegią). Choć ówczesne próby uniezależnienia Polski od dostaw ze Wschodu zostały przerwane zmianą władzy w 2001 roku, Naimski zdobył cenne doświadczenia, które wykorzystał w przyszłości.
Po wyborczym zwycięstwie obozu solidarnościowego w 2005 roku Piotr Naimski ponownie wszedł do struktur rządowych. W listopadzie 2005 został powołany na stanowisko sekretarza stanu w Ministerstwie Gospodarki, odpowiedzialnego za bezpieczeństwo dostaw surowców energetycznych. W praktyce oznaczało to koordynowanie działań na rzecz uniezależnienia Polski od monopolu rosyjskiego węglowodorów. W latach 2005–2007 Naimski współtworzył długofalową strategię energetyczną kraju, wspierając projekty budowy nowych połączeń gazowych i infrastruktury. To wtedy na nowo odżył pomysł gazociągu z Norwegii – projekt, który w przyszłości miał przyjąć nazwę Baltic Pipe. Naimski uczestniczył w rozmowach z partnerami z Danii i Norwegii, przygotowując grunt pod tę inwestycję. Równocześnie rząd Kazimierza Marcinkiewicza i Jarosława Kaczyńskiego podjął decyzję o budowie terminalu LNG w Świnoujściu, co również wpisywało się w koncepcję bezpieczeństwa energetycznego forsowaną przez Naimskiego. Po zmianie władzy w 2007 roku prace nad tymi projektami spowolniły, a sam Naimski odszedł ze stanowiska wraz z końcem kadencji rządu.
Lata 2007–2015 spędził poza pierwszą linią polityki rządowej, ale nadal pozostawał aktywny w sferze bezpieczeństwa i energetyki. W 2008 roku prezydent Lech Kaczyński powołał go na doradcę szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego (BBN). Naimski został także członkiem zespołu ds. bezpieczeństwa energetycznego przy Kancelarii Prezydenta RP. Na tym stanowisku kontynuował prace analityczne nad uniezależnieniem Polski od rosyjskich surowców, choć faktyczne decyzje inwestycyjne zależały od ówczesnego rządu, który miał inne priorytety. Po tragicznej śmierci prezydenta Kaczyńskiego w 2010 roku Naimski zrezygnował z funkcji w BBN. Przez pewien czas działał jako ekspert i doradca w międzynarodowym think tanku New Direction w Brukseli, związanym z europejskimi konserwatystami.